Тук проблемът не е в MySQL да поясня отначало, а в това, че базата има много таблици и респективно отваря много файлове,а броя на файловете по подразбиране в MySQL които могат да се отварят не са особено много :).
"Проблемът" е следния: Когато се експортва база с повече таблици от колкото разрешени отворени файлове в my.cnf може да се получи следната грешка:

#mysqldump -uroot -p wordpress_multi > wordpress_multi.sql
mysqldump: Got error: 29: File './wordpress_multi/wp_61_terms.MYD' not found (Errcode: 24) when using LOCK TABLES

Понеже "error code: 24" нищо не ми говори затова използвам perror (За повече информация относно perror, натиснете ТУК) за да разбера какво означава това:

# perror 24
OS error code  24:  Too many open files

Става ясно, че трябва да увеличим максималния брой отворени файлове в mysql. Добавяте следния ред в конф файла на MySQL (/etc/my.cnf), секция [mysqld]:

open-files=2048

Рестартирате mysqld ( /etc/init.d/mysqld restart)

След като може да се отварят повече файлове от MySQL, проблем вече няма в това отношение.