Идеята е да оптимизираме тези таблици само които са оптимизирани и MyISAM разбира се :)
С една заявка можем да изведем тези  таблици:

mysql> SELECT TABLES.TABLE_SCHEMA,TABLES.TABLE_NAME,TABLES.DATA_FREE,TABLES.ENGINE FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLES WHERE TABLES.DATA_FREE!=0;
+-----------------+----------------+-----------+--------+
| TABLE_SCHEMA    | TABLE_NAME     | DATA_FREE | ENGINE |
+-----------------+----------------+-----------+--------+
| database1    | table_confirm  |       196 | MyISAM |
| database1    | table_sessions |     29460 | MyISAM |
| database1    | table_users    |        24 | MyISAM |
| database2 | table2       |        56 | MyISAM |
+-----------------+----------------+-----------+--------+
4 rows in set (0.04 sec)

В моя случай имам 4(понеже ги оптимизирам доста често)

Ето и как се оптимизира конкретна таблица:

mysql> optimize table database1.table_confirm;
+----------------------------+----------+----------+----------+
| Table                      | Op       | Msg_type | Msg_text |
+----------------------------+----------+----------+----------+
| database1.table_confirm | optimize | status   | OK       |
+----------------------------+----------+----------+----------+

PS: Всичко това може да си го автоматизирате с perl,bash,php или там каквото ви е на сърце :). Успех