1. Ротейт на 90 градуса

Стойности на аргумента transpose
0 = 90CounterCLockwise and Vertical Flip (default)
1 = 90Clockwise
2 = 90CounterClockwise
3 = 90Clockwise and Vertical Flip

ffmpeg -i in.mov -vf "transpose=1" out.mov

2. Флип на клипа Вертикала
ffmpeg -i out.mov -vf "vflip" out2.avi