Сетих се да споделя как може да се изпълни "optimize table" на всички таблици в една база с една команда. Идеята е, че ако имате база с 300 таблици няма как една по една да изпълнявате "optimize table" както и не е необходимо да се пише скрипче което да ги обикаля и изпълнява. Решението е супер просто :

mysqlcheck -o DB -p